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Existe uma tabela periódica com todas as substâncias conhecidas?

Não.

A tabela periódica é uma organização dos elementos químicos. Não existe uma tabela semelhante que faça o mesmo com todas substâncias (moléculas) existentes.

Com os elementos químicos podemos fazer uma infinidade de moléculas. Para se ter uma ideia da enormidade dessas possibilidades, basta verificar um banco de dados que cataloga (parte) das estruturas químicas conhecidas – o ChemSpider – e que neste momento [outubro de 2017] conta com mais de 60 milhões de estruturas descritas. E certamente existem muitas mais que ainda precisam ser caraterizadas e estudadas pelos químicos.

A tabela seria gigantesca e cresceria em tamanho quase que diariamente; algo inútil quando se deseja organização e praticidade.

Dica: para utilizar o https://www.chemspider.com/ faça busca de substâncias escrevendo o nome em inglês ou as notações químicas InChi ou SMILES.
Resultado para a busca por caffeine (cafeína).